一、課程簡介:
教導學生(以研究所為主)使用基因體及蛋白質體研究上所需的應用程式，實際上機操作並配合資料進行運算及分析結果，並介紹如何使用Perl程式將所需要的程式整合。訓練學生使用及整合網路上免費之公開生物資學相關軟體，實際操作及配合其研究興趣建立個人的程式庫。
一、生物資訊學與計算工具的簡介
二、Perl介紹與實作 (I)
三、Perl介紹與實作 (II)
四、序列比對
五、序列分析 (I)
六、序列分析 (II)
七、基因預測 (I)
八、基因預測 (II)
九、基因預測 (III)
十、期中考
十一、晶片資料分析 (I)
十二、晶片資料分析 (II)
十三、晶片資料分析 (III)
十四、蛋白質預測 (I)
十五、蛋白質預測 (II)
十六、蛋白質預測 (III)
十七、口頭報告
十八、期末考

二、先修課程:
需已修過生物資訊學或其導論課程，本課程以研究生為主，大學部學生必須經過上課教師之同意，因電腦數量有限，本課程人數最多為24人。

三、參考書目:
1.Tisdall, J. Beginning Perl for Bioinformatics. 2004. Published by O’Reilly.
2.Mount, D. W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. 2nd Edition. 2004. Published by Cold Spring Harbor Laboratory Press.
3.Baxevanis, A. D. and Ouellette, B. F. F. (ed.) 2001. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. 2nd Ed. Published by: John Wiley & Son, Inc.